Поки Ajax Systems будувала образ однієї з найуспішніших українських технологічних компаній, всередині компанії та навколо її бізнес-моделі періодично виникали питання - від стилю управління персоналом до прозорості корпоративної структури та податкових практик.
Колишні працівники у відкритих джерелах скаржилися на підхід керівництва до управління, рівень компенсацій та внутрішню комунікацію.
Найбільший резонанс викликала ситуація у 2020 році під час пандемії COVID-19. Частина співробітників була звільнена після того, як відмовилася повертатися до роботи в офіс в умовах карантинних обмежень.
Окремо був оприлюднений внутрішній лист Конотопського до співробітників, у якому він жорстко висловився щодо карантинних обмежень та працівників, які не підтримували рішення компанії.
Саме тон цього звернення став причиною критики. Частина людей сприйняла його як приклад надмірно жорсткого стилю управління, де рішення керівництва ставляться вище за позицію працівників.


Вартість, фінанси та технічні проблеми Ajax Systems: питання навколо оцінки компанії та якості продукту
Попри стрімкий розвиток Ajax Systems та статус однієї з найвідоміших українських технологічних компаній, у публічному просторі періодично виникали питання щодо реальної вартості бізнесу, фінансових оцінок та відповідності заявленої вартості компанії параметрам інвестиційних угод. Одним із таких епізодів стала різниця між публічною оцінкою Ajax Systems, яку озвучував засновник компанії Олександр Конотопський, та оцінкою, що випливала з угоди із залученням інвестора. У грудні 2018 року в інтерв'ю для проєкту «Big Money» Конотопський заявив, що вартість Ajax Systems становить «під $100 млн». Однак уже у березні 2019 року інвестиційний фонд Horizon Capital вклав у компанію $10 млн, отримавши 13,33% акцій. Виходячи з параметрів цієї угоди, оцінка компанії становила приблизно $75 млн, а не $100 млн, як про це раніше говорив Конотопський. Саме ця різниця стала приводом для дискусій щодо того, наскільки заявлена публічна оцінка відповідала фактичній вартості бізнесу на момент залучення інвестицій. Саме розбіжність між публічними заявами та інвестиційними показниками привернула увагу до фінансової прозорості компанії. Окремий блок критики Ajax Systems стосується якості продукції та стабільності цифрових сервісів. Попри сильні позиції на ринку систем безпеки, компанія не уникнула скарг від окремих користувачів та критики з боку публічних активістів. Претензії стосувалися як роботи окремих пристроїв, так і надійності програмної інфраструктури, від якої залежить функціонування всієї екосистеми Ajax. У 2021 році громадська організація «Україна проти свавілля чиновників» опублікувала критичний матеріал щодо Олександра Конотопського та діяльності Ajax Systems. Автори матеріалу заявляли про можливі технічні недоліки продукції компанії. Серед згаданих проблем були скарги на роботу акумуляторів, які, за їхніми словами, могли не відповідати заявленому часу автономної роботи, випадки повторного підключення окремих пристроїв до хабу, а також додаткові витрати користувачів, пов'язані з мобільним зв'язком.

